Siswi SMA Santa Maria Yogyakarta berasal dari berbagai wilayah. Sebagian berasal dari dalam pulau Jawa, sebagian lagi berasal dari luar Jawa. Tidak hanya yang beragama Katholik, namun terdiri dari hampir semua agama, Kristen, Islam, Hindu dan Budha. Maka, SMA Santa Maria sering dijuluki dengan Indonesia Mini, dan agen toleransi, menjunjung tinggi Bhineka Tunggal Ika. Juga meliputi strata ekonomi yang bervariasai, di mana SMA Santa Maria Yogyakarta menerapkan subsidi silang, yang kaya membantu yang kurang mampu. Mengenai tingkat kognitif para siswi juga bervariasi, tidak semua pinter, dan tidak semua kurang pinter.