SMA Santa Maria Yogyakarta bekerja sam dengan berbagai pihak antara lain (1) pendidikan, (2) kesehatan, (3) kepolisian, (4) keagamaan dan kemasyarakatan, (5) dunia usaha, (6) pengembangan minat dan bakat. Dalam dunia pendidikan, bekerja sama dengan perguruan tinggi baik negeri maupun swasta, dalam Yogya maupun luar Yogya. Kerja sama dengan sekolah lain baik swasta maupun negeri. Bekerja sama dengan Rumah sakit, dengan Palang Merah Indonesia, Puskesmas. Bekerja sama dengan Polsek Gondomanan, Korem, Kodim. Serta dengan dunia Usaha, makanan, minuman, pakaian/seragam, furniture, IT, dll. Serta layanan konseling seperti bina prestasi, penentuan bakat dan minat/tes akademik, dll